Cuộc sống cá nhân và chính trị lâu dài của Arafat được hầu hết các nhà bình luận phương Tây coi là một dấu hiệu chứng minh cho khả năng chiến tranh bất đối xứng và tài năng chiến thuật của ông, trong điều kiện không khí chính trị vô cùng nguy hiểm ở Trung Đông và tần số diễn ra những vụ ám sát.[81] Một số nhà bình luận tin rằng khả năng tồn tại của ông phần lớn bởi sự lo ngại của Israel rằng ông có thể trở thành một người tử vì đạo cho lý tưởng của người Palestine nếu ông bị ám sát hay thậm chí chỉ bị Israel bắt giữ.[82] Những người khác tin rằng Israel đã kiềm chế đưa ra hành động chống lại Arafat bởi họ lo ít lo ngại với ông hơn so với Hamas và các phong trào Hồi giáo khác đang giành được nhiều ảnh hưởng hơn so với Fatah. Sự phức tạp và mong manh của quan hệ giữa Hoa Kỳ, Israel, Ả Rập Xê Út và các quốc gia Ả Rập khác cũng góp phần vào sự tồn tại lâu dài với tư cách nhà lãnh đạo người dân Palestine của Arafat.[81]

Israel đã tìm cách ám sát Arafat trong một số thời điểm, nhưng chưa bao giờ sử dụng những điệp viên của chính mình, thay vào đó "hướng" người Palestine tới mục tiêu dự định, thường bằng cách sử dụng việc hăm doạ.[83] Theo Alan Hart, thứ Mossad ưa thích sử dụng là đầu độc.[83] Theo Abu Iyad, hai vụ đã được lực lượng Mosaad và Ban giám đốc Quân đội thực hiện với mục tiêu là Arafat trong năm 1970.[84] Năm 1976, Abu Sa'ed, một điệp viên/kẻ phản bội người Palestine đã làm việc được bốn năm cho Mosaad, đã tham gia vào một âm mưu bỏ các viên thuốc độc trông giống như gạo vào trong thức ăn của Arafat. Abu Iyad giải thích rằng Abu Sa'ed đã thú nhận sau khi anh ta nhận được lệnh tiếp tục thực hiện, giải thích rằng mình không thể thực hiện toàn bộ nhiệm vụ bởi, "Thứ nhất ông ta là một người Palestine và lương tâm của anh ta sẽ không cho phép anh ta làm như vậy."[85]

Quan hệ với Hamas và các nhóm du kích khác

Khả năng của Arafat trong việc biến đổi phù hợp với các tình thế chiến thuật và chính trị mới có lẽ đã được thử nghiệm với sự trỗi dậy của Hamas và các tổ chức Jihad Hồi giáo Palestine (PIJ), các nhóm Hồi giáo tán thành các chính sách loại bỏ đối với Israel. Các nhóm này thường đánh bom các mục tiêu phi quân sự, như các khu phố buôn bán và các rạp chiếu phim, để tăng ảnh hưởng tâm lý và thương vong với dân thường. Trong thập niên 1990, các nhóm này dường như đã đe doạ tới khả năng của Arafat trong việc giữ được một tổ chức quốc gia thống nhất với mục tiêu là một nhà nước.[81] Họ có vẻ ở bên ngoài tầm ảnh hưởng và kiểm soát của Arafat, và chiến đấu kịch liệt với Fatah. Một số thông tin cho rằng những hành động của các nhóm này thường được Arafat khoan thứ như một biện pháp để gây sức ép với Israel.[53]

Năm 2002, Liên đoàn Ả Rập đã có một đề xuất công nhận Israel để đổi lấy việc nước này rút quân khỏi toàn bộ các lãnh thổ đã chiếm đóng trong cuộc Chiến tranh Sáu Ngày và một nhà nước của người Palestien do PNA của Arafat quản lý.[86] Ngay sau đó, một vụ tấn công do các chiến binh Hamas tiến hành đã làm thiệt mạng hai chín thường dân Israel đang ăn mừng Lễ quá hải gồm cả nhiều người nổi tiếng.[87] Để trả đũa, Israel tung ra Chiến dịch Lá chắn Phòng thủ, một cuộc tấn công quân sự lớn vào các thành phố chính tại Bờ Tây.

Một số quan chức chính phủ Israel đã phát biểu vào năm 2002 rằng các nhóm vũ trang thuộc Fatah Các lữ đoàn Tử vì đạo al-Aqsa đã bắt đầu các cuộc tấn công vào Israel nhằm cạnh tranh với Hamas.[88] Ngày 6 tháng 5, chính phủ Israel đã ra một báo cáo, dựa một phần trên các tài liệu thu được trong thời gian Israel chiếm đóng trụ sở của Arafat tại Ramallah, bao gồm nhiều bản copy các tài liệu do Arafat ký cho phép cung cấp tiền cho các hoạt động của các Lữ đoàn Tử vì đạo al-Aqsa.[89]

Những nỗ lực cách ly

Những nỗ lực liên tục của chính phủ Israel để xác định một nhà lãnh đạo Palestine khác đại diện cho nhân dân Palestine đã không thành công. Arafat nhận được sự ủng hộ của các nhóm, dù ông có hoạt động quá khứ của riêng mình, bình thường khá thận trọng trong việc tiếp xúc hay ủng hộ ông. Marwan Barghouti (một lãnh đạo của Lữ đoàn Tử vì đạo al-Aqsa) đã xuất hiện như một khả năng thay thế trong phong trào Intifada Lần thứ hai, nhưng Israel đã bắt giữ ông ta vì liên quan tới việc giết hại hai mươi sáu thường dân, và ông đã bị tuyên năm án tù chung thân.[90]

Arafat cuối cùng đã được phép rời trụ sở của ông ngày 2 tháng 5 sau những cuộc đàm phán liên tục dẫn tới một giải pháp: sáu chiến binh PFLP —gồm cả tổng thư ký của tổ chức là Ahmad Sa'adat— bị Israel truy nã, người ẩn trốn cùng Arafat toà nhà trụ sở của ông, sẽ không bị chuyển giao cho Israel, nhưng thay vào đó sẽ bị PNA truy tố. Quả thực, một đội nhân viên an ninh liên hợp của Anh và Mỹ sẽ đảm bảo rằng những người bị truy nã sẽ bị giam giữ tại Jericho.[91] (Những người này sau đó đã bị Israel bắt giữ trong một cuộc đột kích đêm vào nhà tù này năm 2006.)[92] Với điều đó, và một lời hứa rằng ông sẽ theo đuổi một lời kêu gọi người Palestine ngừng các cuộc tấn công vào người dân Israel, Arafat đã được thả ra.[91] Ông đã ra một lời kêu gọi như vậy ngày 8 tháng 5, nhưng như những nỗ lực trước đó, nó hầu như không được để ý tới.[93] In 2003, Arafat ceded his post as Prime Minister to Mahmoud Abbas amid pressures by the US.[94]

Năm 2004, Tổng thống Bush đã không còn coi Arafat là một đối tác đàm phán nữa, nói rằng ông ta đã "không thể là một người lãnh đạo" và cáo buộc ông cắt xén quyền lực của Abbas khi ông này đang làm thủ tướng (Abbas đã từ chức trong cùng năm ông được trao chức vụ này).[95] Arafat có một mối quan hệ phức tạp với các lãnh đạo các quốc gia Ả Rập khác. Sự ủng hộ của họ với ông dường như đã gia tăng bất cứ khi nào ông bị Israel gây sức ép; ví dụ, khi Israel tuyên bố vào năm 2003 rằng họ đã ra quyết định, trên nguyên tắc, đưa ông ra khỏi Bờ Tây do Israel kiểm soát.[79] Trong một cuộc phỏng vấn với mạng lưới tin tức Ả Rập Al-Jazeera, Arafat đã phản ứng trước đề nghị của Ariel Sharon rằng ông sẽ bị trục xuất vĩnh viễn khỏi các lãnh thổ Palestine, khi nói, "Đó là quê hương của ông ta [Sharon] hay của chúng ta? Chúng ta đã ở đây khi Nhà tiên tri Abraham tới, nhưng có lẽ họ [người Israel] không hiểu lịch sử hay địa lý."[79]